S pokračujícím výzkumem a chápáním kostelíka sv. Klimenta na Levém Hradci se vynořují další a další otázky a odpovědi, které celkový obraz spíše komplikují než aby jej osvětlovaly. Jedním z těchto bodů je i nové pojetí poněkud záhadného kamene objeveného v základech rotundy. V kameni je vyrytý (patrně dýkou) ležatý dvojitý kříž. Ačkoliv byl kámen identifikován již při archeologickém výzkumu, při němž byla objevena rotunda, o jeho významu se šířeji diskutuje až v posledních letech -- a tato diskuse vede ke značně překvapivým závěrům. Zdá se totiž, že popsaný kámen lze identifikovat jako lapis primarius, tj. zhruba jako "základní kámen" stavby rotundy. Je-li tomu tak (a patrně tomu tak je), pak tento objev vede k podstatnému zpochybnění datace celé stavby rotundy. Tradice pokládání základního kamene stavby lze totiž doložit až od 13., maximálně 12. století. Rozhodně nikoliv v závěru 9. století, kdy Bořivoj zakládá kostel na Levém Hradci. Samotný fakt založení kostela na Levém Hradci v žádném případě není zpochybněn, avšak tímto kostelem patrně není dnes známá rotunda (resp. její zbytky). Důležité přitom je, že tradice základních kamenů je "pozdní" jak v tzv. římském, tak i v byzantském kulturním okruhu. Nelze tedy ani hypoteticky argumentovat tím, že by stavba kostela sv. Klimenta sledovala byzantskou kulturní linii, kde tak "rané" položení základního kamene je možné; není to možné ani v Byzanci. Ostatně lze pochybovat, že by arcibiskup Metoděj provozoval či prosazoval byzantský církevní ritus -- v 9. stol. nelze ještě hovořit o pravoslaví -- v regionu Velké Moravy. Ostatně ani prameny tomu nenasvědčují. Spíše lze předpokládat, že provozoval v této části Evropy obvyklý "římský" církevní ritus, ovšem ve staroslověnštině a nikoliv latině.  
Umístění základního kamene v půdorysu rotundy (vlevo) a fotografie kamene (vpravo)

Ale vraťme se k otázce datování rotundy sv. Klimenta. Je-li třeba opustit dosavadní dataci stavby, vzniká otázka, kde vlastně původní kostelík sv. Klimenta hledat, a zda vůbec máme šanci jej najít. Na tyto otázky odpovídají archeologové v zásadě dvěma způsoby. proberme si je postupně. 1. Kostelík lze najít jinde. Kostelík stál nekde v bezprostředním okolí současné stavby, ale hledání je téměř vyloučeno, protože okolo kostela dosud existuje hřbitov a je používán. Mezi významné osobnosti, které na tomto hřbitůvku odpočívají, patří bezesporu světově proslulý dětský lékař prof. Josef Švejcar (1897-1997). Není pravděpodobné, že by původní kostelík stál výrazně mimo plochu současného kostela sv. Klimenta. Důvod spočívá v tom, že bezprostředně po založení kostela na konci 9. stol. se do jeho okolí začalo pohřbívat. Tento fakt je doložen jak archeologicky, tak i četnými analogiemi z jiných míst. Bylo totiž obyklé, že po založení kostela se jeho bezprostřední okolí stalo pohřebištěm nových křesťanů Tím je ovšem poloha kostela pevně "svázána" s dotyčným místem a nové založení kostela někde mimo sakrálního areálu pohřebiště je nepravděpodobné. Proto lze učinit závěr, že kostelík lze (hypoteticky) najít, prakticky to však je velmi komplikovaný úkol. Lze jej řešit prakticky pouze velice omezenými sondami v pěšinkách mezi existujícími hroby a v místě vchodu do kostela na několika čtverečních metrech volné plochy. 2. Kostelík najít nelze, protože byl dřevěný. Tato myšlenka vůbec není nepravděpodobná. Naopak, lze pro ni snést řadu analogií i logických argumentů. V průběhu řady staletí se postupovalo právě naznačeným způsobem. Donátor či majitel nejprve založil dřevěné provizorium a teprve postupně budoval kamennou stavbu či stavby. Koneckonců, dřevěná stavba je hotová podstatně rychleji i snáze než kamenná a může sloužit svému účelu stejně dobře po řadu let. Vzpomeňme jenom na stavbu břevnovského kláštera ke konci 10. století, ostrovského kláštera na přelomu 10. a 11. stol. a konečně sázavského kláštera v první polovině 11. stol. A lze pokračovat. Právě při zmíněném zakládání klášterů mniši nejprve budovali dřevěný kostelík i konvent a teprve postupně vztyčovali stavby z kamene, opět v pořadí kostel--konvent. Logické argumenty vycházející z reálné situace a postavení knížete Bořivoje v podmínkách raně středověkých Čech (viz. příslušné legendy) nasvědčují spíše opět možnosti, že by první kostel v Čechách mohl být dřevěný. Legenda tak řečeného Kristiána (Vita et passio sancti Venceslai et sanctae Ludmilae, avie eius) uvádí, že arcibiskup Metoděj dal pokřtěnému Bořivojovi kněza Kaicha, aby kníže mohl praktikovat novou víru. Tento údaj je věrohodný právě tím, že uvádí výslovně pouze jediného kněze. Kdyby si Kristián tendenčně tento fakt upravil, aby zvýšil prestiž nového křesťanského vládce, jistě by mu dal na cestu mnohem početnější doprovod. Údaj o jediném knězi tak působí pravděpodobněji i věrohodněji a lze jej patrně brát za spolehlivý. Jistě ani Bořivoj si nepřál příliš provokovat sněm knížectví a nobilitu, vědom si toho, jak často jsou vládci přinášející novou společenskou doktrínu sesazováni ze svých trůnů (viz. například dějiny Anglie; koneckonců posléze tento osud, i přes veškerou opatrnost, čekal i samého Bořivoje). Proto byl jeho kněžský doprovod více než skromný. Ve světle této pochopitelné opatrnosti pak hypotéza dřevěného kostela nabývá nové váhy. V době, kdy se stavělo téměř výhradně ze dřeva, maximálně se zděnou podezdívkou, by kamenná stavba (tj. "něco, co tu za našich předků dříve nikdy nebývalo") byla jen dalším přiléváním oleje do ohně. Logická argumentace tak vede k závěru, že prvotní Bořivojova stavba, první církevní stavba na českém území, byla patrně dřevěná a jako taková je bohužel s velkou pravděpodobností nenávratně ztracena.