V období vrcholného a pozdního středověku zaznamenal klášter St. Gallen úpadek. Změnily se náboženské, politické i ekonomické vztahy.
Nový rozkvět zaznamenal klášter za opata Ulricha Rösche (zastával opatskou funkci v letech 1463 - 1491, předtím v letech 1457 - 1463 zastával v opatství funkci správce, neboť úřad opata nebyl obsazen). Pocházel z měšťanského rodu, vynikal politickými i organizačními schopnostmi. Dokázal vytvořit novou hospodářskou strukturu kláštera.
Mezi Bodamským jezerem a Willem založil klášterní stát a stal se de facto knížetem-opatem. V roce 1468 získal hrabství Toggenburg. Zajistil pro opatství politická práva a upevnil klášterní stát natolik, že dokázal přežít i zmatečnou situaci v období reformace.
V roce 1451 jeho klášterní stát vstoupil k Spolku a stal se co do počtu obyvatel jeho nejsilnějším členem. Získal císařská privilegia a papežské buly potvrzující jeho práva.
V XV. stol. se osamostatnilo město St. Gallen od kláštera.
Za druhého nástupce Franze Gaisberga, který se snažil pokračovat v Ulrichově díle, vznikla v klášteře řada bohatě iluminovaných zpěvníků. Autoři např. Nicholaus Bertschi z Rorschachu, Kaspar Hertli z Lindau;
Další nástupci věnovali pozornost bohoslužební hudbě. Z této doby pocházejí např. varhanní rukopisy jistého Fridolína Sichera.
Po reformaci došlo v XVII. až XVIII. stol. k novému rozkvětu a znovuvybudování kláštera v barokním slohu, takže v současné době lze na původní vzhled opatství usuzovat jedině z archeologických vykopávek.
Ve středu pozornosti se drží teologie. Dochází ke vzniku vlastní teologické publikace Cursus Theologius Sangallensis.
Významný je přínos milánského patricijského syna Cölestina Sfondrattiho (salzburský profesor). Věnoval se teologickému bádání o otázce neposkvrněného početí, vyrovnánal se s galikanismem.
Opět se drží v centru pozornosti i studium vlastní klášterní minulosti.
1798 - konec Spolku znamená i konec kláštera, ačkoliv ten je formálně zrušen až v r. 1805. Velká rada v St. Gallenu zasedala pod patronací Napoleona Bonaparta a dne 8. 5. 1805 rozhodla o zrušení kláštera v St. Gallen.