Způsob výuky byl v klášteře St. Gallen, jako tehdy na všech církevních školách (a je důležité připomenout, že jiné než církevní školy neexistovaly; církev měla absolutní kulturní monopol), založen na opakování antické vzdělanosti, respektive toho, co z ní po pádu Římské říše v Evropě zbylo. K ní se ještě v St. Gallen i jinde připojovaly další raně spisy, např. Cassiodorovy práce ve Vivariu.
Základní či úvodní kurzy, které musel absolvovat každý student, se dělily na dvě skupiny, tak zvané trivium a quadrivium, které dohromady tvořily sedmero svobodných umění:
V klášteře St. Gallen však muzikální stránku hudby nepodceňovali. Zachovalo se mnoho rukopisů, včetně spisů obsahujících notový záznam, tak zvanou neumu. Postupně vznikal a rozvíjel se částečně vícehlasý zpěv, který hrál významnou roli až do období baroka, tedy prakticky tisíc let.
Astronomie v pojetí středověku, zejména raného a částečně vrcholného středověku, téměř dokonale kopírovala to, co v Evropě zbylo z antické tradice. Práce autorů i opisovačů byla z velké části anonymní, spočívala spíše v komentování klasických autorit či sepisování kompendií a encyklopedií. Vlastních tvůrčích přínosů bylo minimum.
Jen velmi pomalu se do Evropy dostávaly antické poznatky. Antické dědictví v Evropě bylo omezené a spojení s islámským světem, kde se starověká díla zachovala v arabských překladech, neexistovalo. Teprve v X. stol. s křižáckými výpravami a s expanzí arabské říše na Pyrenejský poloostrov se otevírá kulturní spojení křesťanského světa s islámským a antické dědictví se konečně dostává do Evropy. Přesto teprve vrcholný a pozdní středověk přináší nový rozvoj astronomie (Regiomontanus, Koperník)
Medicína - snad trochu paradoxně se jí kladl o něco menší důraz ve výuce než v praxi.
Teologie byla jednoznačně vrcholem všech věd. V rámci mnišského života raného středověku však musíme chápat teologii spíše jako meditaci (lectio divina, boží čtení) než jako vědeckou disciplínou. Tou se stává až s nástupem scholastiky (Tomáš Akvinský).